EDI（EDI膜塊）法除去二氧化碳是它的性能的一個重要方面。當二氧化碳存在于離子交換進水流中時，二氧化碳在陰離子樹脂的離子交換地點同二氧化硅相競爭。二氧化碳常代表在離子交換系統上的最大陰離子負載，特別地當RO（RO反滲透膜）裝置置于離子交換裝置前時。過量二氧化碳的存在既限制離子交換樹脂除去二氧化硅的容量，又限制離子交換床除去二氧化硅的效率。如將在18.6.1節中討論，二氧化硅去除在發電和半導體生產中是臨界的。過量的二氧化碳存在實際上使工廠暴露出潛在的嚴重的二氧化硅問題。二氧化碳通常不能通過其他的如RO和EDR的膜脫鹽法被除去，除非作出改變堿度水平的化學調節。另一方面，在大多數應用中，EDI是一種常規的使CO₂水平降低到99％以上的膜脫鹽方法。